Sáng tác duy nhất của ông là quyển Truyền kỳ mạn lục (Ghi chép tản mạn những truyện kì lạ được lưu truyền). Theo lời Tựa của Hà Thiện Hán viết năm 1547 thì ông viết ra tập lục này để ngụ ý trong thời gian ẩn cư ở rừng núi xứ Thanh.

Sách gồm 20 truyện, viết bằng chữ Hán, theo thể loại tản văn, xen lẫn biền văn và thơ ca, cuối mỗi truyện (trừ truyện 19 Kim hoa thi thoại ký) đều có lời bình của tác giả hoặc của một người có cùng quan điểm của tác giả. Tác phẩm được Hà Thiện Hán, người cùng thời, viết lời Tựa, Nguyễn Bỉnh Khiêm phủ chính, Nguyễn Thế Nghi[7], dịch ra chữ Nôm; và đã được Tiến sĩ Vũ Khâm Lân (1702-?), đánh giá là một "thiên cổ kỳ bút".

Theo bản Tân biên truyền kỳ mạn lục tăng bổ giải âm tập chú in năm 1763, thì tên tác giả là Nguyễn Dư. Trong quyển Việt Nam văn học sử yếu (bản in lần thứ nhất, 1944, trang 290), của Dương Quảng Hàm, đầu sách in là Nguyễn Dữ, song ở cuối sách, tác giả có đính chính lại là Nguyễn Dư. Theo Nguyễn Cẩm Xuyên tên tác giả Truyền kỳ mạn lục là Nguyễn Dư (阮 璵). Chữ 璵 thuộc bộ Ngọc vốn có nghĩa rất đẹp, là tên một loại ngọc quý; Từ nguyên tự điển đã chú cách đọc chữ này như sau: 璵 以 諸 切; 魚 韻 (DƯ: dĩ chư thiết, ngư vận). Vậy chữ này đọc là "Dư" chứ không đọc là "Dữ". Bản Truyền kỳ mạn lục do Nhà xuất bản Trẻ & Hội Nghiên cứu giảng dạy văn học TP. HCM, in lại năm 1988 (tr. 239), sau khi nêu ra sai lầm này, Hà Mâu Nhai & GS. Hoàng Như Mai đã giải thích rằng: "Có lẽ do số đông chúng ta không để ý đến, cứ đọc mãi thành thói quen".